Menu ausklappen

TheraSight® Mutation Profiler

Mutanom chip technology

Genmutationen sind dauerhafte Veränderungen in einzelnen Genabschnitten. Solche Veränderungen können entweder nur im Tumor (somatische Mutationen, nicht erblich) oder in allen Körperzellen (Keimbahnmutationen, erblich) auftreten. Mutationen spielen eine Schlüsselrolle bei der Entstehung und Entwicklung eines Tumors sowie dem Ansprechen auf Medikamente. In der Präzisionsmedizin sind sie von entscheidender Bedeutung. Sie können entweder das Ziel neuer Medikamente sein oder durch die Analyse ihrer Veränderungen in Stoffwechselwegen und Signalkaskaden auf ein spezifisches, indirektes Therapieverfahren hinweisen. Bei der Betrachtung der Bedeutung von Mutationen für die Tumorentwicklung und deren Behandlung ist es notwendig, zwischen Driver-Mutationen und untergeordneten Passenger-Mutationen zu unterscheiden. Das Mutationsmuster bei Tumorerkrankungen ist von Mensch zu Mensch sehr unterschiedlich. Da Mutationen immer häufiger das Ziel neuer Krebsmedikamente sind, ist es unerlässlich, den individuellen Mutationsstatus der jeweiligen Tumorerkrankung zu kennen. Mit der Next-Generation-Sequenzierung (NGS) wurde ein Quantensprung in der Technologie der Mutationsanalyse vollzogen. Dies ist die Grundlage für die gleichzeitige Analyse einer großen Anzahl von Mutationen.

Letztere werden vor allem auch im Zusammenhang mit der Entwicklung von personalisierten Krebsimpfstoffen auf der Basis von mutierten Neoantigen-Peptiden angewandt. Abhängig von der klinischen Fragestellung kann ein ~500-Gen-Panel ausreichen. Dieses Panel umfasst >150 Gene mit rezidivierenden Hotspot-Mutationen, >300 Gene mit CNV-Gains oder -losses, >200 Gene mit vollständig kodierender DNA-Sequenz (CDS), >1 Megabase-Exon-Footprint für die Bestimmung des Tumor Mutational Load/Burden (TMB) und Mikrosatelliten-Marker für die Instabilität/Stabilität von Mikrosatelliten. Der Umfang des ~500-Gen Oncomine Comprehensive Assay Plus ist in den folgenden Tabellen angegeben.

Genes Assayed for the Detection of DNA Sequence Variants

ABL1, ABL2, ACVR1, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AR, ARAF, ATP1A1, AURKA, AURKB, AURKC, AXL, BCL2, BCL2L12, BCL6, BCR, BMP5, BRAF, BTK, CACNA1D, CARD11, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD79B, CDK4, CDK6, CHD4, CSF1R, CTNNB1, CUL1, CYSLTR2, DDR2, DGCR8, DROSHA, E2F1, EGFR, EIF1AX, EPAS1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ESR1, EZH2, FAM135B, FGF7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, GATA2, GLI1, GNA11, GNAQ, GNAS, H3F3A, H3F3B, HIF1A, HIST1H1E, HIST1H2BD, HIST1H3B, HRAS, IDH1, IDH2, IKBKB, IL6ST, IL7R, IRF4, IRS4, KCNJ5, KDR, KIT, KLF4, KLF5, KNSTRN, KRAS, MAGOH, MAP2K1, MAP2K2, MAPK1, MAX, MDM4, MECOM, MED12, MEF2B, MET, MITF, MPL, MTOR, MYC, MYCN, MYD88, MYOD1, NFE2L2, NRAS, NSD2, NT5C2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, PAX5, PCBP1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CD, PIK3CG, PIK3R2, PIM1, PLCG1, PPP2R1A, PPP6C, PRKACA, PTPN11, PTPRD, PXDNL, RAC1, RAF1, RARA, RET, RGS7, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, ROS1, RPL10, SETBP1, SF3B1, SIX1, SIX2, SLCO1B3, SMC1A, SMO, SNCAIP, SOS1, SOX2, SPOP, SRC, SRSF2, STAT3, STAT5B, STAT6, TAF1, TERT, TGFBR1, TOP1, TOP2A, TPMT, TRRAP, TSHR, U2AF1, USP8, WAS, XPO1, ZNF217, ZNF429

Genes Assayed for the Detection of Copy Number Variations

ABCB1, ABL1, ABL2, ABRAXAS1, ACVR1B, ACVR2A, ADAMTS12, ADAMTS2, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, AMER1, APC, AR, ARAF, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKC, AXIN1, AXIN2, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L12, BCL6, BCOR, BLM, BMPR2, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD276, CDC73, CDH1, CDH10, CDK12, CDK4, CDK6, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CSMD3, CTCF, CTLA4, CTNND2, CUL3, CUL4A, CUL4B, CYLD, CYP2C9, DAXX, DDR1, DDR2, DDX3X, DICER1, DNMT3A, DOCK3, DPYD, DSC1, DSC3, EGFR, EIF1AX, ELF3, EMSY, ENO1, EP300, EPCAM, EPHA2, ERAP1, ERAP2, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ERCC4, ERRFI1, ESR1, ETV6, EZH2, FAM135B, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAT1, FBXW7, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF9, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FLT3, FLT4, FOXA1, FUBP1, FYN, GATA2, GATA3, GLI3, GNA13, GNAS, GPS2, H3F3A, H3F3B, HDAC2, HDAC9, HLA-A, HLA-B, HNF1A, IDH2, IGF1R, IKBKB, IL7R, INPP4B, JAK1, JAK2, JAK3, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KIT, KLF5, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, KRAS, LARP4B, LATS1, LATS2, MAGOH, MAP2K1, MAP2K4, MAP2K7, MAP3K1, MAP3K4, MAPK1, MAPK8, MAX, MCL1, MDM2, MDM4, MECOM, MEF2B, MEN1, MET, MGA, MITF, MLH1, MLH3, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MTAP, MTOR, MUTYH, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, NBN, NCOR1, NF1, NF2, NFE2L2, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, NRAS, NTRK1, NTRK3, PALB2, PARP1, PARP2, PARP3, PARP4, PBRM1, PCBP1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDIA3, PGD, PHF6, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PLCG1, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PPM1D, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP6C, PRDM1, PRDM9, PRKACA, PRKAR1A, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRT, PXDNL, RAC1, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RARA, RASA1, RASA2, RB1, RBM10, RECQL4, RET, RHEB, RICTOR, RIT1, RNASEH2A, RNASEH2B, RNF43, ROS1, RPA1, RPS6KB1, RPTOR, RUNX1, SDHA, SDHB, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SLCO1B3, SLX4, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMC1A, SMO, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, STAG2, STAT3, STAT6, STK11, SUFU, TAP1, TAP2, TBX3, TCF7L2, TERT, TET2, TGFBR2, TNFAIP3, TNFRSF14, TOP1, TP53, TP63, TPMT, TPP2, TSC1, TSC2, U2AF1, USP8, USP9X, VHL, WT1, XPO1, XRCC2, XRCC3, YAP1, YES1, ZFHX3, ZMYM3, ZNF217, ZNF429, ZRSR2

Genes Assayed for the Detection of Fusions

AKT2, ALK, AR, AXL, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDKN2A, EGFR, ERBB2, ERBB4, ERG, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGR, FLT3, JAK2, KRAS, MDM4, MET, MYB, MYBL1, NF1, NOTCH1, NOTCH4, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, PDGFRA, PDGFRB, PIK3CA, PPARG, PRKACA, PRKACB, PTEN, RAD51B, RAF1, RB1, RELA, RET, ROS1, RSPO2, RSPO3, TERT

Genes Assayed with Full Exon Coverage

ABRAXAS1, ACVR1B, ACVR2A, ADAMTS12, ADAMTS2, AMER1, APC, ARHGAP35, ARID1A, ARID1B, ARID2, ARID5B, ASXL1, ASXL2, ATM, ATR, ATRX, AXIN1, AXIN2, B2M, BAP1, BARD1, BCOR, BLM, BMPR2, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CALR, CASP8, CBFB, CD274, CD276, CDC73, CDH1, CDH10, CDK12, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CHEK1, CHEK2, CIC, CIITA, CREBBP, CSMD3, CTCF, CTLA4, CUL3, CUL4A, CUL4B, CYLD, CYP2C9, CYP2D6, DAXX, DDX3X, DICER1, DNMT3A, DOCK3, DPYD, DSC1, DSC3, ELF3, ENO1, EP300, EPCAM, EPHA2, ERAP1, ERAP2, ERCC2, ERCC4, ERCC5, ERRFI1, ETV6, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FANCM, FAS, FAT1, FBXW7, FUBP1, GATA3, GNA13, GPS2, HDAC2, HDAC9, HLA-A, HLA-B, HNF1A, ID3, INPP4B, JAK1, JAK2, JAK3, KDM5C, KDM6A, KEAP1, KLHL13, KMT2A, KMT2B, KMT2C, KMT2D, LARP4B, LATS1, LATS2, MAP2K4, MAP2K7, MAP3K1, MAP3K4, MAPK8, MEN1, MGA, MLH1, MLH3, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MTAP, MTUS2, MUTYH, NBN, NCOR1, NF1, NF2, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NOTCH4, PALB2, PARP1, PARP2, PARP3, PARP4, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDIA3, PGD, PHF6, PIK3R1, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POT1, PPM1D, PPP2R2A, PRDM1, PRDM9, PRKAR1A, PSMB10, PSMB8, PSMB9, PTCH1, PTEN, PTPRT, RAD50, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RASA1, RASA2, RB1, RBM10, RECQL4, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNF43, RPA1, RPL22, RPL5, RUNX1, RUNX1T1, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SLX4, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SOCS1, SOX9, SPEN, STAG2, STAT1, STK11, SUFU, TAP1, TAP2, TBX3, TCF7L2, TET2, TGFBR2, TMEM132D, TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, TP63, TPP2, TSC1, TSC2, UGT1A1, USP9X, VHL, WT1, XRCC2, XRCC3, ZBTB20, ZFHX3, ZMYM3, ZRSR2

Am wesentlichsten ist, dass für alle entdeckten Mutationen eine weltweite Suche in wichtigen renommierten Datenbanken durchgeführt wird, um Medikamente, Therapien und klinische Studien zu identifizieren, die für die angegebene Mutation und die individuelle Krankheit relevant sind.

NextGen Oncology bietet einen klinischen Report der Daten auf Grundlage des Oncomine® Knowledge Base Reporter (Thermo Fisher Scientific) und anderer Datenquellen an.

Die Abbildung unten zeigt einen kleinen Auszug eines typischen Oncomine Knowledgebase Reports.

Figure. Excerpt from an Oncomine® Knowledge Base Report (summary page only).

Test-Anforderungen

Optimal geeignet für die hochaufgelöste TheraSight® Mutation Profiler-Technologie ist frisches oder tiefgefrorenes Tumorgewebe. Formalin-fixiertes paraffin-eingebettetes Gewebe kann allerdings auch verwendet werden.

Kleinste Gewebemengen (z.B. wenige Schnitte von Stanzbiopsien oder auch Feinnadelbiopsien) reichen schon aus. Detaillierte Angaben für die Probengewinnung liegen unseren Specimen Collection and Transport Kits bei.

 

Dauer der Untersuchung

10 Werktage.

Logistik

In Deutschland beträgt die Vorlaufzeit für den Transport von kryokonserviertem Gewebe oder Gewebe aus Pleuraergüssen und Aszitesflüssigkeit 24 Stunden vor einem geplanten Eingriff. Wir werden uns mit dem jeweiligen pathologischen Institut in Verbindung setzen, um

We are glad to consult you in finding the right treatment!